Proyecto_CONsIDER_FR

Description:

Les défis sanitaires complexes nécessitent une recherche interdisciplinaire qui a fait l’objet d’actions et d’initiatives européennes et nationales récurrentes. L’approche «One Health» consiste à essayer de répondre à des problèmes complexes en croisant la santé humaine, animale et environnementale. Dans ce contexte, la médecine vétérinaire se nourrit des connaissances développées en médecine humaine. Cependant, l’avantage peut également être mutuel, les animaux domestiques sont d’excellents modèles pour l’étude des pathologies humaines afin que les résultats de ces espèces puissent être transférés à la médecine humaine.

Les avancées technologiques en génomique, protéomique ou métabolomique permettent d’identifier des molécules et des gènes impliqués dans la pathogenèse de certaines maladies et infections pouvant avoir des usages diagnostiques ou être des cibles thérapeutiques. Ces molécules peuvent être utilisées comme biomarqueurs, qui peuvent être classés en fonction de leur application, comme biomarqueurs de diagnostic, stadification de biomarqueurs de maladies, biomarqueurs pronostiques de maladies et biomarqueurs pour surveiller la réponse clinique à une intervention. Chez l’homme, le diagnostic précoce des maladies peut sauver des vies car il permet de traiter le patient à un stade peu avancé, lorsque les dommages pathologiques sont mineurs et, dans des maladies comme le cancer, lorsque la maladie ne s’est pas propagée à travers le corps. En médecine vétérinaire, les biomarqueurs précoces peuvent faciliter l’assainissement du bétail, améliorer la production et le bien-être des animaux et, dans le cas des zoonoses, la sécurité alimentaire et la santé humaine.

Des technologies performantes permettent d’étudier une molécule qui pourrait servir de biomarqueur depuis sa séquence au sein du génome jusqu’à sa présence dans les tissus. La génomique, y compris le séquençage du génome ciblé avec la séquence d’ARN-seq en utilisant des techniques de nouvelle génération, couvre la détermination de la séquence d’acide nucléique et l’expression des gènes dans des conditions pathologiques. De plus, la protéomique pourrait aider à corroborer l’apparition d’une aberration génomique ou une modification post-transcriptionnelle affectant la fonction de la protéine. Enfin, la métabolomique donnerait l’image finale de la maladie, montrant le déséquilibre des molécules effectrices.

Le groupe UNIZAR possède une vaste expérience en pathologie animale et en recherche de biomarqueurs dans les maladies neurodégénératives et autres, à l’aide d’outils génomiques. D’autre part, le groupe UPPA est composé de chercheurs experts en protéomique.

La réunion des approches génomiques et protéomiques facilite la recherche sur les biomarqueurs. Les futurs projets de recherche, quelle que soit la maladie cible, consisteront à utiliser la technique RNAseq, réalisée par des chercheurs d’UNIZAR, pour déterminer les profils d’expression des gènes codants et des ARN non codants dans les tissus des patients et des témoins.

Par la suite, la combinaison d’approches et de techniques protéomiques, peptidiques et de biomarqueurs (non ciblées) développées par l’équipe UPPA identifiera également les soi-disant biomarqueurs ou facteurs de réponse (protéines d’expression modifiées) dans les tissus cibles. Les résultats génomiques (UNIZAR) serviront de support pour délimiter la taille moléculaire des protéines à étudier (UPPA) et faciliter le traitement des données.

L’un des objectifs du réseau initial était d’inclure des experts en bioinformatique pour aider à l’analyse des données. Les techniques de séquençage de nouvelle génération nécessitent une analyse informatique approfondie des données brutes dérivées des séquenceurs. En outre, l’ARN-seq a également besoin d’une analyse biostatistique supplémentaire pour déterminer l’expression génique différentielle dans des situations pathologiques par rapport aux états de contrôle. Les données doivent s’insérer dans des modèles linéaires. Ces étapes bioinformatiques comprennent la comparaison des séquences avec différentes bases de données biologiques telles que KEGG ou GO.

Les résultats doivent être traduits dans la pratique. L’identification des biomarqueurs doit inclure des étapes de validation croisée pour confirmer le modèle obtenu par la bioinformatique. À cette étape, la coopération avec les médecins des hôpitaux humains et vétérinaires est essentielle pour augmenter le nombre de sujets d’étude afin d’évaluer le potentiel des biomarqueurs.

Software Grupo V Company (SGV) en tant que membre du consortium développera une application Web pour faciliter la communication. Il aura une partie ouverte pour montrer les principaux résultats et une partie mot de passe utilisateur uniquement pour les membres du consortium. Initialement, il est prévu uniquement d’améliorer la communication entre les groupes, mais il sera adapté pour inclure des modules d’analyse bioinformatique et la présentation des principaux résultats obtenus de chaque groupe.